Istraživački podaci moraju biti organizovani i označeni na sistematičan način kako bi bili jednostavno identifikovani i upotrebljeni od strane sadašnjih i budućih korisnika. Dobra organizacija sprečava višestruke učesnike na projektu da slučajno ne izmene ili izbrišu pogrešne fajlove.
Dobra praksa je čuvanje podataka po folderima tj. elektronskim fasciklama. Foldere treba nazivati po oblastima rada ili po broju projekta, nikako po osobi angažovanoj na projektu, jer osoba može otići sa projekta i onda postoji mogućnost da se ti podaci izgube ili slučajno izbrišu. Sa porastom količine podataka, foldere treba organizovati hijerarhijski po temama, od generalnih oblasti do uskospecifičnih. Dobra praksa nalaže da se fajlovi i folderi koji su postali neaktuelni odmah izdvajaju u neki poseban folder ili na drugi hard-disk.